研究目的
为了研究蛋白质构象的搜索和中药药物小分子的筛选。利用增强采样方法和马尔科夫态模型搜索蛋白质结构域的变化,获得整个蛋白质构象转变的动力学过程,并对所获得的构象进行聚类遴选出潜在的药物靶点结合位置。然后采用深度学习方法,建立蛋白质-配体复合物的结构与结合自由能的关系,利用已有的数据库训练深度学习多层神经网络,从大量数据中筛选出有效的中药分子结构。
平台使用&研究方法
通过AI云的GPU加速分子动力学模拟了在结合配体分子后的结构域变化,再使用超算云系统自带的Gromacs软件,将计算量达到微秒的模拟时间尺度。